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　　康熙在位年间，天主教在华传教士由于对中国传统礼仪和天主的译名看法不同而发生争执，导致康熙龙颜大怒，禁止传教，史称“礼仪之争”。狭义而言，这是指康熙与传教士就儒教崇拜引发的争论，教皇克勉十一世当时认为中国儒教的帝皇及祖先崇拜违反天主教义，支持多明我会，打压耶稣会，结果引发清朝廷反制，严厉限制传教士活动。其历时一百余年。

　　但是广义地说，这场论战其实缘起于明末天主教耶稣会士始入中国之际，不单开始得早，而且结束得迟，一直迁延到本世纪的1939年，这一年里，罗马天主教宣布废除以往对中国礼仪的禁令，允许天下的中国天主教徒进行祭祀祖先和孔子的仪式。由此算来，“中国礼仪之争”在中西宗教和思想史上有三百多年的经历。1582年，意大利耶稣会传教士罗明坚及利玛窦抵达肇庆，为近代天主教入华揭开序幕。

　　耶稣会士初入东土时，就对中国礼议产生分歧。就是说，在耶稣会内部，一开始就对中国礼仪有不同看法。那时候，多明我会和方济各会还没有进入中国。1610年龙华民接替利玛窦管理中国教务，使联合熊太拔反对“天”和“上帝”的称呼。罗马一些著名神学家都赞同利玛窦所用的名称。耶稣会视察员与耶稣会总长也不同意龙华民的主张。1627年澳门会议曾作出有利于利玛窦的决议。1628年嘉定会议，对敬孔祭祖问题，决定沿用利玛窦的方案；对于译名，采用龙华民一派的意见。1633年再度集会，又允许采用“天”与“上帝”的名称。

　　多明我会士和方济名会会士于1632年前后进入中国，加入礼仪之争。这主要是因为他们认为“耶稣会士们掺合中国传统思想为一妥协行为”。他们认为，汉语的天是指“苍天”，“上帝”又是偶像的称呼，不宜用以指称基督教的造物主。当然，这两个修会也可能“嫉视耶稣会士在中国的成功”。但主要是不满意利玛窦的妥协路线，及其容纳传统旧俗（如祭祀）的做法。

　　1644年清兵入关时，天主教入华已82年，传教士汤若望协助编制历法，获清廷信任，天主教得以迅速发展。1664年，耶稣会住院共38所，耶稣会士来华人数累计82人，全国的教堂已经有156座，全国天主教徒达245000人之多。也正是在1664年，杨光先发起第二次“教难”，各省传教士被拘押到广州，其中耶稣会19人、多明我会3人、方济各会1人。他们会开会讨论过传教问题，谋求妥协与统一。最后通过决议共42条，其中一条是遵守1656年教皇亚历山大七世的命令。与会的教士——签字同意。这说明虽有分歧，传教士仍然希望统一。只有多明我会的一名传教士闵明我不同意，回到欧洲，攻击耶稣会。

　　耶稣会在欧洲本来名声不好，这一来更招致谴责。然而在中国却不同：“所有的方济各会、奥斯定会大都附和着耶稣会，即使站在反对地位的多明我会中也有替利玛窦当时的境地辩护的。” 而在耶稣会中的法国人，既有赞成利玛窦的，也有反对利玛窦的。如果说传教士代表自己背后的国家的图谋，那么，同一国家同一修会的人为什么会有不同意见？

　　1665年，杨光先发表《辟缪论》，批评汤若望历法不准，当时顾命大臣鳌拜不满汉人及外邦人参议朝政，于是支持杨光先，把汤若望收押狱中，天主教在华发展直挫，史称“历狱”。

　　往后，康熙帝执政，推倒鳌拜，重新起用外邦人。南怀仁利用西方发明贡献清朝，建立天主教士的声望，南怀仁亦与利类思与安文思共同上奏，为汤若望平反。1669年（康熙八年）9月5日，康熙颁旨：“恶人杨光先捏词天主教系邪教，已经议复禁止。今看得供奉天主教并无恶乱之处，相应将天主教仍令伊等照旧供奉。”康熙初年，成为传教士在中国的蜜月期。

　　康熙帝1689年，清朝与俄罗斯准备划订疆界，商议尼布楚条约，精于拉丁文的传教士负责代表中方与俄人沟通，这条条约最终亦是以拉丁文签订。南怀仁等亦协助清廷铸造火炮，平定三藩之乱。他们准确预测日食，使皇帝可以为相关祭奠做好准备；一些耶稣会传教士则成为宫廷画家。1692年（康熙三十一年），康熙下达一道容教令，标志着传教士的势力攀上高峰：

　　查得西洋人，仰慕圣化，由万里航海而来。现今治理历法，用兵之际，力造军器、火炮，差往俄罗斯，诚心效力，克成其事，劳绩甚多。各省居住西洋人，并无为恶乱行之处，又并非左道惑众，异端生事。喇嘛、僧等寺庙，尚容人烧香行走。西洋人并无违法之事，反行禁止，似属不宜。相应将各处天主堂俱照旧存留，凡进香供奉之人，仍许照常行走，不必禁止。俟命下之日，通行直隶各省可也。