中国宗教实行独立自主自办的方针，是中国人民在反抗殖民主义、帝国主义侵略和奴役的斗争中，由中国宗教信徒自主作出的历史性选择。1840年鸦片战争后，中国逐步沦为半殖民地半封建社会。在这个过程中，西方的基督教和天主教被殖民主义、帝国主义利用，充当了侵略中国的工具，一些西方传教士扮演了不光彩的角色。

　　 ——参与贩卖鸦片和策划1840年英国侵略中国的鸦片战争。十九世纪，英国基督教传教士马礼逊和德国传教士郭实腊在东印度公司任职期间，参与向中国贩卖鸦片。一些传教士还竭力主张西方列强用武力强迫清政府开放沿海口岸，声称“只有战争能开放中国给基督”，并直接参与英国侵略中国的军事活动。

　　 ——参与1900年八国联军的侵华战争。一批传教士充当了联军的向导、翻译、情报官等，参与屠杀平民，掠夺钱财。美国著名作家马克－吐温说，传教士“从贫困的中国农民身上榨取13倍的罚款，因此让他们、他们的妻子和无辜的孩子们势必慢慢地饿死，而可以把这样获得的杀人代价用于传播福音”。

　　 ——参与策划、起草对华不平等条约。如1842年中英《南京条约》、1844年中美《望厦条约》、1858年中美和中法《天津条约》、1860年中法《北京条约》等，西方国家一些传教士直接参与了策划、起草。这些不平等条约先后规定，西方天主教、基督教传教士可在贸易港口租地自行建造礼拜堂，受地方官保护，“任传教士在各省租买田地，建造(教堂)自便”，中国地方官“务必厚待保护入内地传教之人”，中国官员不得查禁中国信教之人等。

　　——享有不受中国法律管辖的“治外法权”。西方列强依照领事裁判权对本国在华传教士给予保护。在“治外法权”下，西方一些传教士以帝国主义侵略势力为后盾，深入中国内地建教堂，设教区，霸占田产，欺压官民。这些传教士还肆意将“治外法权”延伸至中国信徒，干涉司法。

　　——以“教案”为借口强化西方列强在中国的统治。由于一些西方传教士凭借不平等条约，为非作歹，激起民愤，引发中国民众与西方传教士的冲突与纠纷，史称“教案”。从1840年至1900年，中国各地共发生“教案”400余起。西方国家借口“教案”，向中国政府施加军事或政治压力，提出种种无理要求，强迫赔款，捕杀无辜，甚至以此为口实发动侵略战争。其中，仅1870年“天津教案”，西方列强就强迫清朝官府处死中国民众20人，流放25人。

　　——阻挠和反对中国的反法西斯斗争和人民革命。日本侵占中国东北后，罗马教廷率先公开承认日本扶植的伪“满洲国”，派驻“宗座代表”，采取实际上支持日本侵略中国的立场。抗战胜利后，一些西方传教士煽动宗教徒仇视人民革命，甚至组织武装帮助国民党打内战。

　　 ——敌视新中国，策划破坏活动。新中国成立后，罗马教廷数次发出“通谕”，煽动教徒敌视新生的人民政权。

　　西方天主教、基督教在中国近代史上被利用来充当这些不光彩角色的同时，还操纵、控制中国教会，使中国教会变成西方修会、差会的附庸。中国籍神职、教牧人员和广大教徒处于无权地位。二十世纪四十年代，中国天主教２0个总主教中，外国籍占1７人，中国籍仅３人；在14３个教区中，外国籍主教有110多人，中国籍主教只有２0余人。

　　中国基督教界早有人提出摆脱外国教士控制的主张，并开始从事中国基督教自立组织的活动。但在半殖民地半封建的旧中国，中国教会真正实现独立自主自办是根本不可能的。

　　1949年，中华人民共和国成立，结束了半殖民地半封建社会的历史，从而为中国天主教和基督教实现独立自主自办提供了历史条件。1950年７月，吴耀宗等40位各教派负责人，发表《中国基督教在新中国建设中努力的途径》的“三自宣言”，表明了中国基督徒拥护新中国，摆脱帝国主义势力控制，实现中国教会自治、自养、自传。1950年9月，1527位基督教负责人签名拥护“三自宣言”。尔后的三四年间，在这个文件上签名的基督徒达40多万人，占当时全国基督徒的三分之二。自此，中国基督教走上了“三自”道路。